La realizzazione della bomba atomica comportò la collaborazione dei laboratori di fisica delle più importanti università degli Stati Uniti (Berkeley in California, Chicago in Illinois, Columbia a New York) e la realizzazione di vere e proprie cità segrete per la ricerca e la costruzione dell'ordigno. Sorsero così:

• HANFORD, nello stato di Washington, per la produzione del plutonio;
• LOS ALAMOS, nel New Mexico, per la costruzione della bomba;
• OAK RIDGE, in Tennessee, per la separazione dell'uranio;

Il generale Groves e gli uomini della CIA (servizi segreti americani) si impegnarono affinché il progetto MED ("Manhattan Engineer District") si svolgesse in un clima di massima SEGRETEZZA; per questo motivo furono adottate misure di sicurezza eccezionali:

• la maggior parte dei capi militari americani furono tenuti all'oscuro del progetto in corso;
• venne cancellato alle carte geografiche e topografiche ogni riferimento alle località segrete di Hanford, Los Alamos e Oak Ridge;
• venne vietato il traffico aereo civile e militare sulle zone dove hanno sede i nuovi impianti.

Tuttavia, dato l'elevato numero di tecnici e scienziati impiegati nel MED, tutti i sistemi di sicurezza si rivelarono insufficienti ad evitare che trapelassero importanti informazioni. Esemplare da questo punto di vista è il caso dello scienziato inglese KLAUS FUCHS.